Zaujímavý príbeh kostola Sv. Jakuba sa začala písať okolo roku 1350. Želiezovce boli v tom čase pod správou hlavného župana Tekova a zároveň aj kastelána Levického hradu - Imricha Becseiho. Jeho prostredný syn Juraj Vesszős-Becsei požíval mimoriadnu priazeň uhorského kráľa Ľudovíta Veľkého Anjou, spolu s ním sa v roku 1348 vybral ako člen najužšej kráľovskej stráže, do južného Talianska pomstiť podlú vraždu brata kráľa Ľudovíta. Počas tohto dobrodružného ťaženia si želiezovský Juraj Vesszős-Becsei nahonobil nie najčistejším spôsobom veľký majetok. Po návrate z neapolského vojenského ťaženia si nakradnutý lup pod kráľovskou ochranou bez problémov prepravil do Budína, no stadiaľ už prevoz toľkého zlata do Želiezoviec považoval za príliš riskantný. Vymyslel si však prefíkané riešenie. Ako skrýša na prevoz nahonobeného zlata mu poslúžil odcudzený kamenný rímsky sarkofág z Budínskeho rímskeho pohrebiska Aquincum. Zo sarkofágu najprv odstránil ostatky veterána II. pomocnej légie Aelia Domitia a na jeho miesto uložil lup. Prevoz zlata sa mu podaril. Po čase pod ťarchou ťaživých spomienok predsa len dospel Juraj Vesszős k potrebe úprimného pokánia za svoje vykonané skutky. Zahájil a štedro financoval výstavbu gotického želiezovského kostola, do ktorého umiestnil sarkofág. Okrem toho, sa rozhodol vydať sa na dlhú kajúcnu púť naprieč celou Európou. Najprv došiel do španielskeho mesta Santiágo de Compostella k uctievaným ostatkom svätého Jakuba (odtadiaľ pochádza i pomenovanie kostola). Až jeho potomkovia dali dokončiť a jedinečnými freskami aj skrášliť miestny kostol. Neskôr kostol prešiel do rúk protestantov a na spomínaný sarkofág sa zabudlo.
Po príchode Esterházyovcov do mesta sa podarilo vrátiť kostol do rúk katolíckych veriacich. Pri prerábkach a hĺbení krypty v kostole v časti pod oltárom objavili ukrytý sarkofág, ktorý do dnes slúži ako podstava oltáru.
V marci 1945 ustupujúce vojská vyhodili do povetria celú pôvodnú vežu. Po ničivom výbuchu zostalo zachované len presbytérium, v ktorom je tak dodnes zachovaná a neporušená elegantne zaklenutá pôvodná gotická krížová klenba. Už dnes viditeľná veža na severnej strane sa musela po 2. svetovej vojne nanovo pristavať a priestranná pôvodná loď chrámu sa po obvodoch nadstaviť a v roku 1954 aj kompletne zastrešiť.